(三)独立性原则

　　独立性指基金管理人各机构、部门和岗位职责应当保持相对独立，基金资产、自有资产、其他资产的运作应当分离。

　　基金管理人内部控制的设立是与其管理模式紧密联系的，基金管理人按照其推行的管理模式设立相应的工作岗位，并赋予其责、权、利，规定独立的操作规程和处理程序。责任和权力是岗位责任原则中的关键因素，有什么样的岗位责任，就要赋予此岗位完成任务所必需的权力，切忌出现岗位职责不明确、权力不清楚的现象。岗位职责主要解决的是不相容职务的分离，在设置岗位时必须考虑到授权岗位和执行岗位的分离;执行岗位和审核岗位的分离;保管岗位和记账岗位的分离等，通过不相容职责的划分，保证各部门和人员之间的独立性，防止员工的“合谋”舞弊行为。

　　基金管理人可能管理自有资产、基金资产和其他资产，这些资产之间可能存在利益输送，基金管理人必须建立不同资产运作的控制目标，让相关基金经理、投资经理理解其各自的责任，一方面要让员工懂得如何完成自己的工作，即操作规程和处理程序;另一方面要让员工明白严格按照规章制度履行职责的重要性。

　　(四)相互制约原则

　　相互制约指基金管理人内部部门和岗位的设置应当权责分明、相互制衡。

　　基金管理人内部的一项业务，如果经过两个以上的相互制约环节对其进行监督和核查，其发生错弊现象的概率就很低。就具体的内部控制措施来说，相互牵制必须考虑横向控制和纵向控制两方面的制约关系。从横向关系来讲，完成某个环节的工作需有来自彼此独立的两个部门或人员协调运作、相互监督、相互制约、相互证明;从纵向关系来讲，完成某个工作需经过互不隶属的两个或两个以上的岗位和环节，以使下级受上级监督，上级受下级牵制。只有经过横向关系和纵向关系的核查和制约，才能使发生的错弊减少到较低限度，或者即使发生问题，也易尽早发现，便于及时纠正。

　　(五)成本效益原则

　　成本效益指基金管理人运用科学化的经营管理方法降低运作成本，提高经济效益，以合理的控制成本达到最佳的内部控制效果。

　　基金管理人是商业组织，当然最关心的是经济效益。如果单纯从内部控制的角度来考虑，参与控制的人员和环节越多，控制措施越严密复杂，控制的效果就越好，其发生的错弊现象就越少，但因控制活动造成的控制成本就越高。因此，在设计基金管理人内部控制制度时，一定要考虑控制投入成本和控制产出效益之比。一般来讲，对那些在业务处理过程中发挥作用大、影响范围广的关键控制点(如投资、研究和交易)应进行严格控制;对那些只在局部发挥作用、影响特定范围的一般控制点，只要能起到监控作用即可，而不必花费大量的人力、物力进行控制。防止由于关键控制点设立过多、手续操作繁杂，造成基金管理人经营管理活动不能正常、迅捷地运转。因此，控制点设定的数量需根据实际情况，科学设立，力争以最小的控制成本获取最大的内控效果。

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