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微小内蜒阿米巴为寄生人、猿、猴和猪等结肠腔的小型阿米巴，滋养体平均直径约10μm，外形、大小很像哈门氏阿米巴，但核型特殊。染色后的胞核可见粗大而不规则的核仁，占核直径的1/3～1/2，常偏于一侧。
由于缺核周染粒，核膜显得极薄，与核仁之间有清晰的空隙和相连的核丝。包囊椭圆或类圆形，平均大小9μm，色线灰，不易着染而常易辨认。成熟包囊也有4核，缺拟染色体，偶见形状不一的糖原泡。该虫也不致病，重感染或特殊情况下偶有引起急性或慢性腹泻。该虫对甲硝咪唑类药物敏感。
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