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寄生虫和生物性变应原(如植物花粉，真菌孢子，尘螨和动物皮屑等)。在正常情况下，空气，水，土壤中均存在着大量微生物，对维持生态系统具有重要作用。但当环境中的生物种群发生异常变化或环境中有生物性污染时，可对人体健康产生直接，间接或潜在的有害影响。
即使在发达国家，水污染引起的健康危害仍时有报道，例如1993年4月在美国威斯康辛州曾爆发了由隐孢子虫(cryptosporidium)引起的介水传染病，有40.3万人患病，4000余人住院治疗，有112人死亡。而在发展中国家生物性污染广泛存在，并可引起相关疾病的爆发流行。
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