(1)说明人体的病理变化
中医学认为疾病的发生，是人体的阴阳关系由于某种因素之影响而失去相对的平衡协调，从而出现偏盛偏衰的结果。疾病的发生、发展，关系到邪正两方面，正气与邪气，以及它们相互作用、相互斗争的关系，都可以用阴阳来予以概括说明医|学教育网搜集整理。
病邪有阴邪、阳邪之分，正气则包括阴精与阳气两部分。所以，病理上的阴阳失调，多表现为阴阳某一方面的偏盛偏衰，且一方面之异常，亦必影响及另一方面。例如阳邪致病，可导致阳偏盛而伤阴，因而出现热证;阴邪致病，则可导致阴偏盛而伤阳，因而出现寒证;阳气虚损不能制阴，则可出现阳虚阴盛的虚寒证;阴液亏耗不能制阳，则可出现阴虚阳亢的虚热证。所以，《素问》说：阴胜则阳病，阳胜则阴病。阳胜则热，阴胜则寒。又说：阳虚则外寒，阴虚则内热，阳盛则外热，阴盛则内寒。因此，尽管疾病的变化复杂，但就其阴阳属性来说，亦不外阳盛、阴盛、阳虚、阴虚等四大类病变而已。
另外，机体阴阳任何一方虚损到一定程度，亦常导致对方之不足，即所谓阳损及阴和阴损及阳，最后则可导致阴阳两虚，气血双亏，此即慢性病常见之病理发展过程。
(2)说明人体的生理功能
中医生理学认为，人体正常的生命活动，是阴阳两方面对立统一协调平衡的结果。人体的生理功能，一方面表现为机体防御邪气侵袭的整体卫外功能，另一方面则表现为脏腑组织的功能活动。
从机体的防御机制来说，阳在外，为保护人体内部组织器官的卫外机能;阴在内，则为阳的物质基础，并为阳不断地储备和提供能量补充。
从脏腑功能活动来说，则五脏主藏精气为阴，六腑能消化、传导饮食水谷为阳。而每一脏腑之中又各有阴阳，凡是功能活动则属阳，而产生这些功能活动的器质和营养物质则属阴。如心有推动血液循环和主持精神意识思维活动的功能，此种功能属阳，而心血、心脏器质则属阴;肝有调节血量和精神情志的功能属阳，而肝血、肝脏器质则属阴;脾有运化水谷，输布精微，以及统摄血液循行的功能属阳，而脾的津液、脾脏器质则属阴;肺有主气司呼吸，协助心脏推动血行的功能属阳，而肺之津液、肺脏器质则属阴;肾有藏精生髓，主生殖发育，主持水液代谢等功能属阳，而肾精、肾脏器质则属阴。关于六腑，亦是如此，其功能属阳，而每一腑的器质则属阴。
对于人体整体生理上的阴阳关系，则主要强调其协调和平衡。如就人体机能状态而言，则机能兴奋属阳，机能抑制属阴;功能亢进属阳，功能减退属阴。而在生理活动中，兴奋和抑制、亢进和衰退等是互相拮抗的，并保持着相对的平衡状态。又如阳气和阴精的转化，阴精是化生阳气的物质基础，而阳气的作用又是在不断地产生着阴精，因而阳气和阴精，相互转化，相互为用，并保持着相对的平衡。故《素问》说：阴平阳秘，精神乃治。
(3) 说明人体的组织结构
阴阳学说在阐释人体的组织结构时，认为人体是一个对立统一的有机整体，其组织结构可划分为相互对立的阴阳两部分，且又彼此相互联系，密切合作。
首先，就人体的部位与结构来说，外为阳，内为阴;背为阳，腹为阴;头部为阳，足部为阴;体表为阳，内脏为阴。而体表之中的皮肤为阳，肌肉筋骨为阴;脏腑中六腑为阳，五脏为阴。五脏之中，则心肝为阳，肺脾肾为阴。再具体到每个脏腑，则又有阴阳之分，如心有心阴、心阳;肾有肾阴、肾阳;胃有胃阴、胃阳等。若从经络系统循行部位来说，则循行于人体四肢外侧及背部者属阳(如手足三阳经，仅足阳明例外)，循行于人体四肢内侧及腹部者则多属阴(如手足三阴经)。
但是应当指出，人体各部位、各组织结构、各脏器之阴阳属性不是绝对的，而是相对的，它们常根据一定条件的改变而改变。如以胸背关系来说，则背属阳，胸属阴。若以胸腹上下关系来说，则胸又属阳。腹则属阴。同样，五脏若以上下关系来分，则心肺在膈上属阳，心为阳中之阳脏，肺为阳中之阴脏;肝脾肾在膈下属阴，肝为阴中之阳脏，肾为阴中之阴脏，脾亦为阴中之阴脏。总之，人体部位、组织结构上的阴阳，只是其相对属性的一般归类而已。
(4)用于疾病的诊断
阴阳失调是病理变化的关键所在，故临床病证可概括为阴证、阳证两大类。所以，临床上对于疾病的诊察，亦可以根据阴阳变化的规律来加以分析和辨别。
中医诊断学之望、闻、问、切四诊方法，首先当辨别阴阳。例如望诊，一般面色光滑润泽为阳，面色沉浊晦暗为阴;凡见青、白、黑色，其证多属阴寒，而见黄、赤两色，则其证多属阳热。又如闻诊，凡气粗声高属阳，气弱声低属阴。而在切诊中则把浮、大、滑、数等脉象归属于阳脉，把沉、小、涩、迟等脉象归属于阴脉。
关于辨证，即是把通过四诊所获得的症状、体征及多种病情资料，进行客观地分析和判断，从而对病因、病位、病性及正邪关系得出正确的结论，以指导临床治疗。中医诊断以阴阳作为辨证之总纲，用以辨别疾病的表里、寒热、虚实。故凡表证、实证、热证均属于阳证;凡里证、虚证、寒证均属于阴证。所以临床病证虽然千变万化，总不出阴阳两纲范围。
(5)指导临床治疗用药
由于阴阳的偏盛偏衰是疾病发生、发展的根本原因，所以，调理阴阳，补偏救弊，创造条件，使失调的阴阳关系恢复相对平衡，这就是中医治疗学的基本原则。故《素问》说：谨察阴阳所在而调之，以平为期。
由于病证不一，本质不同，故其治疗方法亦多种多样。中医临床根据协调阴阳的精神，提出了寒者热之、热者寒之、虚则补之、实则泻之以及阳病治阴，阴病治阳等众多的治疗方法。
如阳热亢盛而损耗阴液病证(即阳胜则阴病)，则应损其有余之阳，用寒凉药物治其阳热亢盛，此即热者寒之方法;若因阴寒邪盛而损伤阳气病证(即阴胜则阳病)，则应损其有余之阴，用温热药物以祛其阴寒过盛，此即寒者热之方法;若阴液不足不能制阳而形成阴虚阳亢病证，则须用滋阴以敛阳方法解决;若由于阳气不足，阳虚不能制阴而形成阳虚阴盛病证，则须用补阳以消阴的方法去解决。这就是阳病治阴，阴病治阳，壮水之主，以制阳光;益火之源，以消阴翳，使失调的阴阳恢复新的相对平衡的治疗原则。
同样，在归纳药物的性味功能上，阴阳亦具有重要的意义，并可作为指导临床用药的依据。药物的四气、五味，以及升降浮沉等一般性能，都具有阴阳之不同属性。以四气来说，则寒、凉属阴，温、热属阳。以五味来说，则酸、苦、咸属阴，辛、甘、淡属阳。以升降浮沉来说，则具有重镇敛降作用的药物属阴，具有轻浮升散作用的药物属阳。所以临床用药必须注意病证阴阳与药物阴阳之关系，正确运用药物的阴阳性能，以改善或调节病理上失调的阴阳关系，从而达到治愈疾病的目的。
