参考答案：

　　问题1： (1)合同协议书中的部分条款存在以下不妥之处：

　　①竣工日期为2009年10月15日不妥，应调整为2009年10月9日(总日历天数与开工日期有效，调整竣工日期)。

　　②工程建设中，施工质量应符合我国现行工程建设标准。采用国际标准或者国外标准，现行强制性标准未作规定的，应当由拟采用单位提请建设单位组织专题技术论证，报批准标准的建设行政主管部门或者国务院有关主管部门审定。

　　③合同总价应为人民币伍佰陆拾万捌仟元整(￥560.8万元)。在合同文件中，用数字表示的数额与用文字表示的数额不一致时，应遵照以文字数额为准的解释惯例。

　　④乙方承诺的质量保修部门条款不符合《房屋建筑工程质量保修办法》的规定。《房屋建筑工程质量保修办法》规定，在正常使用下，房屋建筑工程的最低保修期限为：

　　地基基础和主体结构工程，为设计文件规定的该工程的合同使用年限;

　　屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，为5年;

　　供热与供冷系统，为2个采暖期、供冷期;

　　电气系统、给排水管道、设备安装，为2年;

　　装修工程，为2年。

　　其他项目的保修期限由建设单位和施工单位约定。

　　(2)施工合同专用条款中有关合同价款的条款存在以下不妥之处：

　　①甲方承诺的工程预付款支付期限和方式不妥。预付款制度的本意是开工前预先付给乙方购置材料、设备及工程前期准备等工程借款，以确保工程顺利进行，因此，甲方应按施工合同条款的约定时间和数额，及时向乙方支付工程预付款，开工后可按合同条款约定的扣款办法陆续扣回。用投标保证金代替预付款担保金的约定不妥，预付款担保金的数额随甲方从工程进度款中逐步扣还预付款而不断调整。

　　②措施项目费预付款属于承包方应得的工程费用，甲方不能从乙方的工程进度款中扣还。

　　③暂估价、暂列金额由甲方确定，乙方不得变动更改，需计人投标报价费用，尾款在竣工结算时处理。计日工费中的工程量由甲方提出，投标人根据企业实际独立报价，施工中增加费用在暂列项中列支。

　　甲方供应的材料，乙方使用时需计算的管理费和利润按使用材料价值的I%计算，列入总承包服务费。

　　原措施费中没有的措施项目，由承包人根据措施项目变更情况，提出适当措施费变更，经发包人确认后调整。

　　当材料价格变化幅度超过5%时，可以调整合同价款，调整方法需要在合同中约定。

　　问题2：

　　事件1：

　　(1)施工单位提出建设单位应支付建筑材料的保管费的要求合理。

　　理由：依据《建设工程施工合同(示范文本)》规定，发包人供应的材料设备经双方共同清点接收后，由承包人妥善保管，发包人支付相应的保管费用。

　　(2)施工单位提出建设单位应支付建筑材料检验费的要求合理。

　　理由：依据《建设工程施工合同(示范文本)》规定，发包人供应的材料设备进入施工现场后需要在使用前检验或者试验的，由承包人负责检查试验，费用由发包人负责。

　　(3)施工单位提出建设单位应支付该批材料的二次搬运费的要求不合理。

　　理由：二次搬运费已包含在措施费一项中，故无须再次支付。

　　事件2：

　　(1)火灾由雷电引起，故属于不可抗力。

　　(2)建设单位应承担的损失或费用包括：①工程本身的损失150万元;②待安装设备报废损失100万元;③其他单位临时停放在现场的汽车被烧毁，损失25万元;④管理保卫人员费用支出1万元;⑤工程所需清理、修复费用200万元。

　　(3)施工单位应承担的损失或费用包括：①施工单位人员烧伤所需医疗费及补偿费15万元;

　　②租赁的施工设备损坏赔偿10万元。

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